Έπαιξε και έχασε η Κυπριακή Δημοκρατία σε σχέση με την απόφαση να παγώσει την υλοποίηση του προγράμματος αποχετευτικών έργων σε χωριά, τα οποία έπρεπε να υλοποιηθούν μέχρι το τέλος του 2012, ενώ δεν αναμένεται πλήρης συμμόρφωση πριν από το 2027. Η Κομισιόν με απόφασή της ημερομηνίας 7 Μαρτίου 2019 παραπέμπει την υπόθεση στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης, με την Κύπρο πλέον να βρίσκεται ένα βήμα πριν από μια σημαντική καταδίκη για πλημμελή επεξεργασία των αστικών λυμάτων. Η Κομισιόν κίνησε τη διαδικασία επί παραβάσει με την αποστολή στις κυπριακές Αρχές προειδοποιητικής επιστολής τον Ιούλιο του 2017 και αιτιολογημένης γνώμης τον Ιούνιο του 2018. 
Η Κύπρος επικαλέστηκε για την καθυστέρηση την οικονομική κρίση, αλλά και γραφειοκρατικές διαδικασίες και εμπλοκή σε προσφορές. Η Κύπρος παρέλειψε να εξασφαλίσει ότι όλοι οι οικισμοί με πληθυσμό άνω των 2.000 κατοίκων διαθέτουν επαρκή συστήματα συλλογής και επεξεργασίας των αστικών λυμάτων, όπως επιβάλλουν οι κανόνες της ΕΕ (οδηγία 91/271/ΕΟΚ του Συμβουλίου). 
Η χώρα μας δεν έχει δημιουργήσει δίκτυο αποχέτευσης για σειρά οικισμών και, επιπλέον, δεν έχει εξασφαλίσει ότι τα αστικά λύματα που διοχετεύονται σε αποχετευτικά δίκτυα υποβάλλονται σε κατάλληλη επεξεργασία. Παρά το γεγονός ότι έχει σημειωθεί κάποια πρόοδος, η Κύπρος εξακολουθεί να μην εξασφαλίζει ότι σε 31 οικισμούς όλα τα αστικά λύματα συλλέγονται ή ότι τα αστικά λύματα που διοχετεύονται σε αποχετευτικά δίκτυα υποβάλλονται σε κατάλληλη επεξεργασία πριν από την απόρριψή τους. Δεδομένου ότι ως προς ορισμένες περιπτώσεις δεν αναμένεται πλήρης συμμόρφωση των κυπριακών Αρχών πριν από το 2027, η Κομισιόν αποφάσισε να παραπέμψει την υπόθεση στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Η οδηγία για τα αστικά λύματα (οδηγία 91/271/ΕΟΚ του Συμβουλίου) επιδιώκει να προστατεύσει την υγεία των ανθρώπων και το περιβάλλον μέσω της θέσπισης υποχρέωσης για συλλογή και επεξεργασία των αστικών λυμάτων (οικιακών λυμάτων και λυμάτων από ορισμένους βιομηχανικούς τομείς) πριν από την απόρριψή τους.
 
Οι πόλεις και οι κωμοπόλεις υποχρεούνται να δημιουργήσουν τις απαραίτητες υποδομές για τη συλλογή και την επεξεργασία των αστικών λυμάτων τους. Τα ανεπεξέργαστα λύματα μπορούν να αποτελέσουν κίνδυνο για την ανθρώπινη υγεία και να ρυπάνουν τις λίμνες, τα ποτάμια, το έδαφος, καθώς και τα παράκτια και τα υπόγεια ύδατα.
Από τους 57 οικισμούς, στους οποίους έχει υποχρέωση η Κύπρος να εγκαταστήσει αποχετευτικά δίκτυα και σταθμούς επεξεργασίας λυμάτων, εκκρεμεί η υλοποίηση των αποχετευτικών έργων σε 31 αγροτικούς οικισμούς.
Ο κύριος στόχος της Οδηγίας είναι η προστασία του υδάτινου περιβάλλοντος από τις αρνητικές επιπτώσεις της απόρριψης ανεπεξέργαστων αστικών λυµάτων. 
Βάσει της ενωσιακής νομοθεσίας, οι πόλεις και οι κωμοπόλεις είναι υποχρεωμένες να διαθέτουν τις αναγκαίες υποδομές για τη συλλογή και την επεξεργασία των αστικών τους λυμάτων. Τα ανεπεξέργαστα λύματα μπορούν να αποτελέσουν κίνδυνο για την ανθρώπινη υγεία και να ρυπάνουν τις λίμνες, τα ποτάμια, το έδαφος, καθώς και τα παράκτια και τα υπόγεια ύδατα.
Σημειώνεται ότι η κύρια υποχρέωση που ανέλαβε η Δημοκρατία αφορά στην εγκατάσταση κεντρικών αποχετευτικών δικτύων και σταθμών επεξεργασίας λυμάτων σε κοινότητες και δήμους με ισοδύναμο πληθυσμό μεγαλύτερο από 2.000 άτομα. Η μεταβατική περίοδος της Κύπρου για τις κοινότητες και δήμους της υπαίθρου έληξε την 31η Δεκεμβρίου του 2012.
Τα αποχετευτικά έργα εμπίπτουν στο Πρόγραμμα Εφαρμογής της Οδηγίας 91/271/ΕΟΚ και συγχρηματοδοτούνται από το Ταμείο Συνοχής της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Στόχος της οδηγίας είναι η προστασία του περιβάλλοντος από τις αρνητικές επιπτώσεις που προκαλεί, κυρίως στα νερά, η απόρριψη ανεπεξέργαστων ή ανεπαρκώς επεξεργασμένων αστικών λυμάτων και αποβλήτων από βιομηχανίες τροφίμων και της παραγόμενης λάσπης. Εκτός από την κατασκευή αποχετευτικών συστημάτων και σταθμούς δευτεροβάθμιας επεξεργασίας λυμάτων σε όλους τους οικισμούς με ισοδύναμο πληθυσμό πάνω από 2.000, η οδηγία απαιτεί τον καθορισμό ευαίσθητων περιοχών και την παρακολούθηση των απορρίψεων και των υδάτινων σωμάτων στα οποία πραγματοποιείται η απόρριψη.
Σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 17 της Ευρωπαϊκής Οδηγίας 91/271/ΕΟΚ για τα Αστικά Λύματα, η Κύπρος υπέβαλε τον Ιούνιο του 2016 προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή το νέο Εθνικό Πρόγραμμα Εφαρμογής (ΠΕ-2014) της Οδηγίας, με κατάλογο 57 οικισμών (7 Αστικούς και 50 Αγροτικούς) με ισοδύναμο πληθυσμό άνω των 2.000.
 
Αναθεωρημένο πρόγραμμα υλοποίησης μέχρι το 2027
Σύμφωνα με την Οδηγία 91/271/ΕΟΚ για τα Αστικά Απόβλητα, η Κύπρος υπέβαλε τον Ιούνιο του 2018 προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή το Εθνικό Πρόγραμμα Εφαρμογής (ΠΕ-2016) της Οδηγίας, με κατάλογο 57 οικισμών (7 αστικούς και 50 Αγροτικούς) με ισοδύναμο πληθυσμό άνω των 2.000.
 
Από τους 57 οικισμούς, στους οποίους είχε υποχρέωση η Κύπρος να εγκαταστήσει αποχετευτικά δίκτυα και σταθμούς επεξεργασίας λυμάτων, στους 36 έχουν ήδη συμπληρωθεί τα απαιτούμενα έργα. Τρεις αγροτικοί οικισμοί θα εξυπηρετούνται από μεμονωμένα ή άλλα κατάλληλα συστήματα και δεν προγραμματίζεται η κατασκευή δικτύων συλλογής. Σημειώνεται ότι σύμφωνα με το ΠΕ-2016, το 82,99% του συνολικού παραγόμενου φορτίου των οικισμών (1.029.000 ι.π.) εισέρχεται σε δίκτυο αποχέτευσης και επεξεργάζεται ή/και εξυπηρετείται με μεμονωμένα κατάλληλα συστήματα. 
Καθότι η καταληκτική ημερομηνία συμμόρφωσης της Κύπρου με την Οδηγία ήταν μέχρι το τέλος του 2012 και επειδή από τότε μέχρι σήμερα δεν έχει υπάρξει ουσιαστική πρόοδος, λόγω της έλλειψης πόρων και εμπλοκής σε διαδικασίες προσφορών, η Κομισιόν αποφάσισε να παραπέμψει την υπόθεση στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Τα υπολειπόμενα έργα έχουν συνολική δαπάνη €413.660.000 με χρονοδιάγραμμα υλοποίησης μέχρι το τέλος του 2026.
Το αποχετευτικό σύστημα Συμπλέγματος Κοκκινοχωριών, το αποχετευτικό σύστημα Συμπλέγματος Σολέας, το αποχετευτικό δίκτυο στις Κοινότητες Πύργου – Παρεκκλησιάς και ο Σταθμός Επεξεργασίας Λυμάτων στα Κ. Πολεμίδια είναι έργα που συγχρηματοδοτούνται από το Ταμείο Συνοχής της Ε.Ε., στα πλαίσια της Προγραμματικής Περιόδου 2014-2020.
 
Συγκεκριμένα ο προϋπολογισμός των πιο πάνω έργων για τα έτη 2019-2021 εκτιμάται να είναι ως ακολούθως: Αποχετευτικό Σύστημα Συμπλέγματος Κοκκινοχωριών (Σταθμός Άχνας) €25.000.00, Αποχετευτικό δίκτυο στις Κοινότητες Πύργου – Παρεκκλησσιάς €14.600.000, Σταθμός Επεξεργασίας Λυμάτων Κ. Πολεμίδια €10.300.000, Αποχετευτικό Σύστημα Συμπλέγματος Σολέας (δίκτυα) €5.700.000, Αποχετευτικό Σύστημα Συμπλέγματος Σολέας (Σταθμός) €5.500.000.
Σημειώνεται ότι στις 28 Φεβρουαρίου 2019, υπογράφηκε σχετική σύμβαση για την Κατασκευή Αποχετευτικού Δικτύου στην Ευρύχου, στη Φλάσου και στη Λινού για το ποσό των €3.687.825, μη συμπεριλαμβανομένου του ΦΠΑ.