Όπως και κατά τη διάρκεια της οθωμανικής κυριαρχίας, έτσι και στα χρόνια της Αγγλοκρατίας ο ορθόδοξος κλήρος διαδραμάτισε ηγετικό ρόλο στους Ελληνοκύπριους. Η παράδοση για «εθναρχικό» ρόλο της Εκκλησίας, παρά την απώλεια της θεσμικής της βάσης με την κατάργηση του οθωμανικού συστήματος του μιλετιού (millet) από την αγγλική διοικητική τάξη, ευνόησε τη συνέχιση της εθνικοπολιτικής δραστηριότητας της ορθόδοξης Εκκλησίας. Κληρικοί, όπως ο Aρχιεπίσκοπος Σωφρόνιος (1865-1900) και ο Mητροπολίτης Κιτίου Κυπριανός (1868-1886), διακρίθηκαν για τη δράση τους. Από τα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του Νομοθετικού Συμβουλίου παρατηρούμε ενεργό ανάμιξη της εκκλησιαστικής ηγεσίας στην πολιτική ζωή της Κύπρου. Στο πρώτο Νομοθετικό Συμβούλιο εκλέγηκε ο Μητροπολίτης Κιτίου Κυπριανός. Τον διαδέχθηκε ο Μητροπολίτης Κιτίου Κύριλλος. Την παράδοση συνέχισε ο Μητροπολίτης Κιτίου, Νικόδημος Μυλωνάς, ο οποίος διαδραμάτισε πρωταγωνιστικό ρόλο στην «εξέγερση» του 1931. Επίσης βλέπουμε και μοναχούς να πολιτεύονται και να εκλέγεται ο Ηγούμενος Κύκκου Γεράσιμος. Πολιτεύτηκε και ο διάδοχος του Κλεόπας στις εκλογές του 1930, αλλά δεν κατόρθωσε να εκλεγεί.
Η συμπεριφορά αυτών των εκκλησιαστικών αρχόντων παρουσιάστηκε ανάγλυφη με τη δημιουργία του Αρχιεπισκοπικού ζητήματος κατά τη δεκαετία 1900-1910, όταν μετά τον θάνατο του Αρχιεπισκόπου Σωφρονίου στις 22/5/1900 ανέκυψε το πρόβλημα της διαδοχής του. Τότε, υπήρχαν μόνο δυο Μητροπολίτες, διότι του θανάτου του Σωφρονίου προηγήθηκε ο θάνατος του Μητροπολίτη Πάφου Επιφανίου (1898). Το Αρχιεπισκοπικό ζήτημα, το οποίο είχε και συνάρτηση με τη διαμάχη για τη στρατηγική στο εθνικό θέμα, συντάραξε την ελληνοκυπριακή κοινότητα και χώρισε κλήρο και λαό σε δυο στρατόπεδα. Ηγέτης του ενός στρατοπέδου ήταν ο Μητροπολίτης Κιτίου, Κύριλλος Παπαδόπουλος, γνωστός ως «Κυριλλάτσος» και του άλλου ο Μητροπολίτης Κυρηνείας, Κύριλλος Βασιλείου, γνωστός ως «Κυριλλούι». Ο Κιτίου υποστηριζόταν από τα λαϊκά στρώματα και εκπροσωπούσε την αδιάλλακτη ενωτική γραμμή. Ο Κυρηνείας, αντίθετα, υποστηριζόταν από την πλούσια αστική τάξη και πρέσβευε μια μετριοπαθή στάση αναφορικά με την προώθηση του ενωτικού στόχου. Η εκατέρωθεν λασπολογία έφτασε στο ζενίθ της. Οι οπαδοί του Κιτίου κατηγορούσαν τον Κυρηνείας ως «αιρετικό» και οι οπαδοί του Κυρηνείας κατηγορούσαν τον Κιτίου ως «μασόνο». Η διάσπαση είχε και τον πολιτικό της αντίκτυπο. Στις εκλογές για ανάδειξη μελών του Νομοθετικού Συμβουλίου το 1906 το κόμμα του Κιτίου κέρδισε τις εκλογές και εξέλεξε οκτώ μέλη ενώ το κόμμα του Κυρηνείας εξέλεξε μόνο ένα. Ο φανατισμός μεταξύ των δυο παρατάξεων ήταν τόσο έντονος, ώστε να μην καταστήσει δυνατή την εκλογή Έλληνα Δημάρχου στη Λευκωσία κατά τις δημοτικές εκλογές του 1908. Στο δημοτικό συμβούλιο, που απαρτιζόταν από έξι Έλληνες και πέντε Τούρκους, είχαν εκλεγεί τρεις «Κιτιακοί» και τρεις «Κυρηνειακοί». Οι πρώτοι υποστήριζαν τον ιατρό Νικόλαο Δέρβη, πατέρα του Θεμιστοκλή Δέρβη και οι δεύτεροι τον Χριστόδουλο Μιχαηλίδη. Αφού, μετά από τρεις συνεδρίες του δημοτικού συμβουλίου οι Έλληνες σύμβουλοι επέμεναν στις θέσεις τους, οι πέντε Τούρκοι σύμβουλοι εξέλεξαν ως δήμαρχο τον Σιεφκέτ ο οποίος υπηρέτησε ως δήμαρχος Λευκωσίας μέχρι του 1911. (Αχιλλέας Λυμπουρίδης, Μελέτες για την Αγγλοκρατία στην Κύπρο, Μέρος ΙΙΙ, σελ. 90).
Αφού προηγήθηκαν απόπειρες συνδιαλλαγής, από το Οικουμενικό Πατριαρχείο και τα Πατριαρχεία Αλεξανδρείας και Ιεροσολύμων, που απέτυχαν, τον Φεβρουάριο του 1908 η Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου εξέλεξε τον Κυρηνείας. Ο Κιτίου και οι πολυπληθείς οπαδοί του αμφισβήτησαν τη νομιμότητα της εκλογής. Επεδίωξαν να θεσπίσουν νομοθεσία που να ρυθμίζει τις αρχιεπισκοπικές εκλογές, κάτι που θα οδηγούσε αναμφίβολα στη νίκη του υποψηφίου τους. Οι «Κυρηναϊκοί» αντέδρασαν έντονα. Η νήσος οδηγείτο σε εμφύλιο πόλεμο. Ο Ύπατος Αρμοστής (Κυβερνήτης) για να αντιμετωπίσει την κατάσταση κήρυξε τον στρατιωτικό νόμο και χρησιμοποίησε στρατό για να επιβάλει την τάξη. Τον Μάιο του 1908 θεσπίστηκε Νόμος που ρύθμιζε τη διεξαγωγή αρχιεπισκοπικών εκλογών. Με βάση τον Νόμο αυτόν, ο Κιτίου συγκάλεσε Επισκοπική Σύνοδο στην οποία μετείχαν τρεις Επίσκοποι από το Πατριαρχείο της Αλεξανδρείας. Τον Απρίλιο του 1909, ομόφωνα εκλέγηκε από τη Σύνοδο ο Κιτίου, ως Κύριλλος Β΄. Ο αντίπαλός του εξακολουθούσε να θεωρεί εαυτόν ως Αρχιεπίσκοπο μέχρι τον Μάρτιο του 1910, που αναγνώρισε την εκλογή του Κιτίου και έτσι λύθηκε το περιβόητο Αρχιεπισκοπικό ζήτημα. Ο Κύριλλος Β΄ απεβίωσε το 1916 και τον διαδέχθηκε ο Κυρηνείας ο οποίος απεβίωσε του 1933. (Doros Alastos, Cyprus in History, σελίδες 332 – 333).