Με υπερπρονόμια έχουν βρεθεί οι πρώην υπάλληλοι του ΚΟΤ οι οποίοι είναι και πιο προνομιούχοι σε σχέση με τους άλλους δημόσιους υπάλληλους.
 
Σύμφωνα με έκθεση της Ελεγκτικής Υπηρεσίας κάθε υπάλληλος του ΚΟΤ που μεταφέρθηκε στο Υφυπουργείο Τουρισμού, «απολαύει όλων των δικαιωμάτων και ωφελημάτων και έχει όλες τις υποχρεώσεις και τα καθήκοντα των δημοσίων υπαλλήλων». «Θεωρούμε συνεπώς απαράδεκτο και ενδεχομένως παράνομο, οι πρώην υπάλληλοι του ΚΟΤ να είναι πλέον δημόσιοι υπάλληλοι αλλά προνομιούχοι σε σχέση με τους άλλους δημόσιους υπάλληλους».
 
 
«Λαμβάνοντας υπόψη τις πρόνοιες του άρθρου 14 του Ν.123(Ι)/2018, για σκοπούς διασφάλισης της ισότιμης μεταχείρισης των Δημοσίων Υπαλλήλων, συστήνουμε όπως το Σχέδιο συμπληρωματικής ιατροφαρμακευτικής περίθαλψης, το Ταμείο Ευημερίας και το Ταμείο Επιδότησης Στεγαστικών και Εκπαιδευτικών Δανείων καταργηθούν, αφού προηγουμένως ληφθεί γνωμάτευση από τον Γενικό Εισαγγελέα της Δημοκρατίας», σημειώνεται στην έκθεση.
 
 
Στο προσωπικό του Οργανισμού, όπως αναφέρεται, με βάση τις συλλογικές συμβάσεις που υπογράφηκαν διαχρονικά, παραχωρήθηκαν ωφελήματα, το ύψος των οποίων (σύμφωνα με στοιχεία του λογιστικού συστήματος που εξήχθηκαν στις 15/2/2019) στις 31/12/2017 και 31/12/2018 ανήλθε συνολικά σε €1.568.312 και €1.544.998 αντίστοιχα, αναφέρει η Ελεγκτική Υπηρεσία.
 
Στις 31/12/2018 ο ΚΟΤ απασχολούσε 193 μόνιμους υπαλλήλους, 10 έκτακτους αορίστου διάρκειας, 16 ωρομίσθιους εργάτες εκ των οποίων οι 5 ήταν με μερική απασχόληση και 37 άτομα στα Γραφεία του Οργανισμού στο εξωτερικό με το καθεστώς επιτόπιου προσωπικού.
 
Στην έκθεση αναφέρεται μεταξύ άλλων ότι υπάρχουν και φορολογικές υποχρεώσεις του Οργανισμού στο Τμήμα Φορολογίας. «Στις 31/12/2017 υπάρχει πρόνοια ύψους €570.764 για εταιρικό φόρο για την περίοδο 2001 έως 2017». Αναφέρεται ότι σύμφωνα με τις δηλώσεις που υποβάλλονται στο Τμήμα Φορολογίας και σύμφωνα με την απαντητική επιστολή του ΚΟΤ για τους λογαριασμούς του 2016, «ο Οργανισμός θεωρεί ότι δεν οφείλει φόρο.
 
Εντούτοις το Τμήμα Φορολογίας έχει αποστείλει προσδιορισμούς εταιρικού φόρου για τα έτη έως το 2012 με επιβολή φόρου και προστίμων. Ενδεικτικά αναφέρεται ότι το Τμήμα Φορολογίας απέστειλε στις 19/12/2018 Προσδιορισμό Εταιρικού Φόρου για το έτος 2012 με «Καθαρό Φόρο» ύψους €48.903 πλέον επιβαρύνσεις €4.890. Σημειώνεται ότι ο ΚΟΤ έχει υποβάλει ενστάσεις μέχρι και το 2011». Η Ελεγκτική Υπηρεσία αναφέρει ότι έχει ζητήσει να διευθετηθεί συνάντηση με το Τμήμα Φορολογίας «ώστε να ξεκαθαρίσει κατά πόσο υπάρχουν φορολογικές οφειλές».
 
Επισημαίνεται μάλιστα ότι «ο Αναπληρωτής Γενικός Διευθυντής του Υφυπουργείου εξέφρασε την άποψη ότι, από την στιγμή που τις υποχρεώσεις του ΚΟΤ τις έχει αναλάβει πλέον το κράτος μέσω του Υφυπουργείου Τουρισμού, η επιβολή φόρου στο Υφυπουργείο, λόγω των οφειλών του ΚΟΤ προηγούμενων ετών, ενδεχομένως να καθίσταται άνευ ουσίας και να δημιουργεί αχρείαστη γραφειοκρατία. Η θέση αυτή θα υποβληθεί στο Τμήμα Φορολογίας με σκοπό την εξεύρεση τρόπων ρύθμισης του θέματος».
Η Ελεγκτική Υπηρεσία εκφράζει την ανησυχία της γιατί δεν έχουν ληφθεί έγκαιρα μέτρα για την άμεση είσπραξη των εσόδων από τέλη ελλιμενισμού. Προς αποφυγή συσσώρευσης οφειλόμενων τελών στο μέλλον, εισηγείται την προπληρωμή των τελών ελλιμενισμού. 
Ο αναπληρωτής Γενικός Διευθυντής του Υφυπουργείου Τουρισμού ενημέρωσε την Ελεγκτική Υπηρεσία ότι ο ΚΟΤ και μετέπειτα το Υφυπουργείο Τουρισμού προέβηκαν σε όλα τα δυνατά μέτρα είσπραξης των τελών ελλιμενισμού.