Ένα από τα αξιοσημείωτα της πορείας του Χρυσοστόμου Β’ προς τον θρόνο είναι το γεγονός ότι με ποσοστό αποδοχής 8% και εννέα από τους 100 αντιπροσώπους κατάφερε να αναδειχθεί Αρχιεπίσκοπος.
Πριν τις εκλογές δήλωνε πως ο επόμενος Αρχιεπίσκοπος θα λέγεται Χρυσόστομος και μάλιστα δεν αποτελούσε προεκλογικό πυροτέχνημα αλλά το πίστευε. Εξάλλου, σε κατ’ ιδίαν συζητήσεις που έκανε τότε, εξηγούσε γιατί θα είναι ο επόμενος Αρχιεπίσκοπος. Ήξερε πώς να διαπραγματεύεται, γνώριζε τις φιλοδοξίες του καθενός και ήξερε, πως αν δεν εκλέγονταν οι βασικοί του υποψήφιοι (Μητροπολίτες Λεμεσού και Κύκκου) προτιμούσαν να εκλεγεί αυτός, παρά ο βασικός ανθυποψήφιός τους.
Στις εκλογές για ανάδειξη Αρχιεπισκόπου στις 4 Νοεμβρίου 2006 εξασφάλισε 9 από τους 100 αντιπροσώπους ενώ ο Κύκκου Νικηφόρος έλαβε 46 και ο Λεμεσού Αθανάσιος 45. Στην κάλπη των ex officio εκπροσώπων έλαβε 12 ψήφους, ο Κύκκου πήρε 11 ψήφους και ο Λεμεσού 7. Στην κάλπη των γενικών αντιπροσώπων ο Λεμεσού έλαβε 48 ψήφους και πέρασε στην τελική φάση της ψηφοφορίας, ο Κύκκου 46 και ο Χρυσόστομος Β’ πήρε μόλις 6, δηλαδή τρεις λιγότερες από τον πρώτο γύρο. Στην κάλπη των ex officio, η οποία θα αναδείκνυε τον δεύτερο υποψήφιο Αρχιεπίσκοπο, Λεμεσού και Πάφου στήριξαν ο ένας τον άλλο, κάτι το οποίο οδήγησε εκτός κούρσας τον Κύκκου Νικηφόρο, ο οποίος, παρόλον ότι αντέδρασε με οργή, τελικά προ της προοπτικής να αναδειχθεί Αρχιεπίσκοπος ο Λεμεσού Αθανάσιος, ψήφισε τον Πάφου Χρυσόστομο ο οποίος αναδείχθηκε Αρχιεπίσκοπος.
Την ημέρα των εκλογών ο «Φ» είχε κυκλοφορήσει με τίτλο «Ολονύκτιο θρίλερ», «Τα βρήκαν Πάφου – Αθανάσιος». Οι δύο ιεράρχες, οι οποίοι άλλοτε δεν αντάλλαζαν ούτε καλημέρα, συναντήθηκαν και συμφώνησαν την αλληλοπριμοδότηση και κάπου εκεί ουσιαστικά έκλεισε το θέμα ως προς το ποιοι θα ανταγωνίζονταν μεταξύ τους στον…τελικό, με τον αποκλεισμό του Κύκκου Νικηφόρου, ο οποίος προειδοποίησε ότι «θα τους ψήσει το ψάρι στα χείλη».
Υποστηρικτές του κ. Νικηφόρου κατηγορούσαν τους Μητροπολίτες Πάφου και Λεμεσού για συμπαιγνία προκειμένου να εκτοπιστεί από τη διεκδίκηση ο δικός τους υποψήφιος. Ακολούθησαν ενστάσεις και ένταση, αποχωρήσεις γενικών αντιπροσώπων του Κύκκου και ιερωμένων, με αποτέλεσμα να σημειωθεί το πρωτόγνωρο για τα εκκλησιαστικά δεδομένα να αναβληθεί επ’ αόριστον η τρίτη φάση από την οποία και αναμενόταν να αναδειχθεί ο νέος Αρχιεπίσκοπος.
Οι υποστηρικτές του Λεμεσού Αθανάσιου οι οποίοι ήταν σίγουροι πως θα αναδεικνύετο ο δικός τους υποψήφιος, μετά την αποχώρηση των εκπροσώπων του Κύκκου Νικηφόρου διαμαρτύρονταν για μεθόδευση παράκαμψης του.
ΔΕΙΤΕ ΑΚΟΜΗ: Αποφάσεις Υπουργικού για απόδοση τιμών προς Αρχιεπίσκοπο
Ο ίδιος ο Μητροπολίτης μίλησε για αντικαταστατική απόφαση. Με πρωτοβουλία του Κιτίου συγκλήθηκε εκτάκτως η Ιερά Σύνοδος, στην οποία δεν παρέστησαν οι Κηρυνείας και Λεμεσού, και αποφάσισε -ύστερα από προτροπή του Κύκκου- να αναβάλει την τρίτη φάση για 24 ώρες. Όταν επαναλήφθηκε η ψηφοφορία η συνεργασία Χρυσοστόμου και Νικηφόρου ήταν δεδομένη, οπόταν εξελέγη Αρχιεπίσκοπος ο Χρυσόστομος.
ΔΕΙΤΕ ΑΚΟΜΗ: Η διαδικασία για ανάδειξη νέου Αρχιεπισκόπου
Ο Μητροπολίτης Λεμεσού δήλωσε ότι δεν πήρε μέρος στη συνεδρίαση της Συνόδου διότι η πρόσκληση που έλαβε αφορούσε την εκλογική συνέλευση και όχι για συνεδρίαση της Συνόδου. Σχολιάζοντας την αναβολή δήλωσε: «Ο λόγος ο μοναδικός ήταν διότι το αποτέλεσμα της δεύτερης εκλογής δεν άρεσε σε συγκεκριμένους ιεράρχες». Ερωτηθείς κατά πόσον είχε αντιληφθεί μια προσπάθεια του Μητροπολίτη Μόρφου και του Επισκόπου Κύκκου να τον αποκλείσουν από Αρχιεπίσκοπο, ο Μητροπολίτης Λεμεσού είπε ότι «ο κόσμος έχει νοημοσύνη και μπορεί να καταλάβει καλά τι γίνεται». Είπε ότι ο ίδιος τους παραδίδει στην κοινή κρίση του λαού. Τέλος, αρνήθηκε ότι έκανε συμπαιγνία με τον Πάφου Χρυσόστομο.
Λίγες ώρες μετά, και παρά τις πικρίες που δημιουργήθηκαν, δέχτηκαν όλοι το αποτέλεσμα και το γεγονός ότι δεν εκτραχύνθηκε περαιτέρω η κατάσταση, οφείλεται και στην ήπια στάση που τήρησε ο Λεμεσού Αθανάσιος, ο οποίος είχε κάθε λόγο να αντιδράσει.
Ο Χρυσόστομος Β’ είχε πει πως θα παρέμενε στο θρόνο 3-5 χρόνια. Τελικά εκλέγηκε στις 6 Νοεμβρίου 2006 και παρέμεινε στο θρόνο 16 χρόνια, πεθαίνοντας στις 7 Νοεμβρίου 2022, ενώ θα ταφεί στις 12 Νοεμβρίου, που συμπίπτει με την 12η Νοεμβρίου 2006 οπόταν ενθρονίστηκε.
