Το προσωπικό του Τμήματος Αρχαιοτήτων διαφωνεί με την υπαγωγή του στο υφυπουργείο Πολιτισμού.
Η ένταξη των αρχαιοτήτων στο υπό ίδρυση υφυπουργείο Πολιτισμού καθιστά ορατό τον κίνδυνο οι αρχαιότητες, από εξουσία του κεντρικού κράτους, να καταλήξουν διαμοιρασμένες και να διχοτομηθούν ανάμεσα στις δύο κοινότητες, υποστηρίζει το προσωπικό του Τμήματος Αρχαιοτήτων. Όπως αναφέρει ανακοίνωση του κλαδικού συμβουλίου της ΠΑΣΥΔΥ, συμφωνούν μαζί τους ο Σύνδεσμος Κυπρίων Αρχαιολόγων και η εθνική επιτροπή της ICOMOS (Διεθνής Επιτροπή Μνημείων και Χώρων).
Ο ισχύων νόμος Περί Αρχαιοτήτων αντιμετωπίζει τον 11.000 χρόνων κυπριακό πολιτισμό ως ενιαίο, οι διάφορες φάσεις της ιστορίας της Κύπρου είναι αναπόσπαστα τμήματα μιας ενιαίας ιστορικής πορείας και μια ενδεχόμενη προσπάθεια διαφοροποίησης της Ιστορίας σε μικρότερης και μεγαλύτερης σημασίας φάσεις είναι αντιεπιστημονική. «Για τους λόγους αυτούς», αναφέρει η ανακοίνωση, «θεωρούμε ότι οι εξουσίες που καθορίζουν τη διαχείριση της αρχαιολογικής κληρονομιάς πρέπει να παραμείνουν στο κεντρικό κράτος, είτε σε μια μελλοντική ομοσπονδιακή λύση του Κυπριακού είτε υπό τις παρούσες πολιτικές συνθήκες».
Ενόσω το Κυπριακό παραμένει άλυτο, η μονομερής μεταβολή στο καθεστώς των αρχαιοτήτων μπορεί να χρησιμοποιηθεί από τις κατοχικές αρχές ως άλλοθι για νέες αποσχιστικές κινήσεις, αυτή τη φορά στο θέμα των αρχαιοτήτων, υποστηρίζουν οι υπάλληλοι του Τμήματος. «Είναι αλήθεια ότι η αρμοδιότητα για τις αρχαιότητες ιδανικά θα έπρεπε να ανήκει σε ένα υπουργείο Πολιτισμού. Ωστόσο, το Σύνταγμα της Κ.Δ. δεν επιτρέπει την ίδρυση ενός τέτοιου υπουργείου. Η συζήτηση για αλλαγές στη δομή του κράτους δεν μπορεί να γίνεται πέραν και έξω από τα πλαίσια που καθορίζουν η πολιτική και συνταγματική πραγματικότητα».
Σύμφωνα με την κυβέρνηση, οι αρχαιότητες δεν θα μεταφερθούν στο υπουργείο Παιδείας (που έχει εξουσίες μόνο για την ελληνοκυπριακή κοινότητα) αλλά στον Πρόεδρο της Δημοκρατίας. Η Νομική Υπηρεσία, επιπλέον, γνωμοδότησε θετικά για το Νομοσχέδιο. Ωστόσο, όπως υποστηρίζει η κλαδική των υπαλλήλων, «η μεταφορά της εκτελεστικής εξουσίας για τις αρχαιότητες από ένα υπουργείο που λογοδοτεί στο Υπουργικό Συμβούλιο σε ένα υφυπουργείο που θα υπάγεται στον Πρόεδρο, ενέχει κατά τη γνώμη μας πολιτικούς κινδύνους, αφού εισάγει τις αρχαιότητες σε μια συνταγματικά γκρίζα ζώνη. Στα άρθρα του Συντάγματος, που καθορίζουν τις εκτελεστικές εξουσίες του Προέδρου και του Υπουργικού Συμβουλίου, είναι σαφές ότι η εκτελεστική εξουσία για τις αρχαιότητες ανήκει στο Υπουργικό Συμβούλιο και όχι στον Πρόεδρο. Πώς νομιμοποιείται λοιπόν η μεταβίβαση αυτής της εξουσίας σε έναν υφυπουργό που θα λογοδοτεί στον Πρόεδρο;».
Όσον αφορά τη γνωμάτευση του Γ. Εισαγγελέα ότι δεν υπάρχει νομικό κώλυμα, τα θέματα που εγείρει το Τμήμα Αρχαιοτήτων είναι πολιτικής φύσεως, σύμφωνα και με την κατακλείδα της γνωμάτευσης. Ως εκ τούτου, αρμόδια είναι η εκτελεστική εξουσία και όχι η νομική υπηρεσία η εκτελεστική εξουσία, σύμφωνα και με την Επίτροπο Νομοθεσίας. «Το ερώτημα είναι», καταλήγει η ανακοίνωση των υπαλλήλων του Τ.Α., «αν η προτεινόμενη από το νομοσχέδιο αλλαγή θα αποβεί ωφέλιμη ή επικίνδυνη για τα συμφέροντα της Κυπριακής Δημοκρατίας επί της αρχαιολογικής της κληρονομιάς.